Conçu sous forme de programme-cadre panafricain, AfricaConnect2 adopte une approche modulaire qui permet de tenir compte des différents stades de développement des RNER, du contexte géographique, culturel et organisationnel des différentes régions, et de leurs sources de financement et perspectives à long terme.
Par conséquent, AfricaConnect2 se compose de trois zones géographiques, supervisées par leurs réseaux régionaux respectifs.
L'Alliance UbuntuNet est l'organisme chargé de la Zone 1, alors que le réseau GÉANT s'occupe des aspects administratifs, financiers et opérationnels des Zones 2 et 3, et pilote le projet conjointement à WACREN et ASREN.
L'Alliance UbuntuNet et GÉANT travaillent en étroite collaboration pour assurer une mise en œuvre cohérente du projet afin d'exploiter les synergies.